1. В первую очередь необходимо определить надлежащую стоимость, произведя надлежащую оценку (Приказ Минэкономразвития России от 30.11.2022 N 659 "Об утверждении федерального стандарта оценки "Оценка интеллектуальной собственности и нематериальных активов (ФСО XI)").

ГК РФ хотя и не обязывает ее проводить, но у ФНС могут возникнуть вопросы.

К примеру если главной целью, преследуемой налогоплательщиком, являлось получение дохода исключительно или преимущественно за счет налоговой выгоды в отсутствие намерения осуществлять реальную экономическую деятельность, такая сделка может быть признана мнимой и притворной и соответственно недействительной (п. 9 Постановления Пленума ВАС РФ от 12.10.2006 N 53 "Об оценке арбитражными судами обоснованности получения налогоплательщиком налоговой выгоды").

Пример из практики (Постановление Арбитражного суда Московского округа по делу № А40-34089/2017 https://kad.arbitr.ru/Card/c4b00ab3-23c9-4d93-b426-fbf55447961e):

Налогоплательщик и получатель (Самородова О.А.) роялти являются взаимозависимыми лицами, поскольку Самородова О.А. является акционером ЗАО «Фармцентр ВИЛАР» с долей участия 50%; Самородов В.В. (супруг Самородовой О.А.) также является акционером ЗАО «Фармцентр ВИЛАР» с долей участия 50 %; основным источником дохода для ИП Самородовой О.А.,
применяющей упрощенную систему налогообложения, являлись денежные средства полученные от налогоплательщика в качестве роялти, которые практически в полном объеме переводились на счет Самородовой О.А. как
физического лица, а в дальнейшее перечислялись супругу Самородову В.В. в качестве дивидендов, отсутствовал экономический смысл отчуждения товарного знака в адрес ИП Самородовой О.А. по цене 10 000 руб., а также дальнейшего
заключения лицензионного договора с обществом на использование 12 товарных знаков за роялти в сумме 54 431 563,33 руб., поскольку налогоплательщик изначально был правообладателем товарных знаков, в том
числе «Вилар», на безвозмездной основе длительный промежуток времени; после заключения лицензионного договора все расходы, связанные с поддержанием товарных знаков в правовой охране, на рекламу и коммерческое
продвижение продукций, реализованные под товарным знаком «Вилар», несет общество.

Налоговым органом была проведена оценка рыночной стоимости нематериальных активов (товарного знака «Вилар»).
В соответствии с составленным ЗАО «РентКонтракт» экспертным заключением № р-25-05, рыночная стоимость комбинированного товарного знака «Вилар», отчужденного ЗАО «Фармцентр ВИЛАР» по цене 10 000 руб.,
составила 193 756 000 р.; в результате полученного заключения эксперта было установлено отклонение/занижение стоимости реализованного права на товарный знак «Вилар» на 193 746 000 р., что составило 193 746 %.

Установив указанные обстоятельства, инспекция, сделав вывод о получении налогоплательщиком необоснованной налоговой выгоды ввиду занижения налоговой базы по налогу на прибыль организаций, включения в состав расходов, уменьшающих сумму доходов от реализации, роялти в пользу ИП Самородовой О.А., определила реальные налоговые обязательства, исходя из прямых потерь бюджета Российской Федерации за 2012-2014 в размере 7 620 419 руб."

2. Далее, после заключения договора отчуждения и направления заявки на его гос. регистрацию в ФИПС, следует направить лицензиатам (при наличии заключенных прежним правообладателем договоров) уведомление об отчуждении товарного знака о том, что после регистрации лицензиаром по лицензионным договорам становится новый правообладатель. После регистрации новому правообладателю с лицензиатами следует заключить двусторонний ДС к действующим ЛД о "замене стороны по договору в следствие отчуждения ТЗ".

При этом, не смотря на то, что в силу п. 1 ст. 452 ГК РФ (соглашение об изменении договора совершается в той же форме, что и договор), а сделка, предусматривающая изменение условий зарегистрированной сделки, подлежит госрегистрации (п. 2 ст. 164 ГК РФ), такие ДС не подлежат обязательной государственной регистрации и отсутствие такой регистрации не может повлечь за собой последствия для сторон договора, т.к. регистрируется всегда только само право (отчуждение, залог, предоставление - п. 2, ст. 1232 ГК РФ) и всё что с ним связано (территория, способы использования и т.п.). В данном случае само право и условия его предоставления не изменились. Введение в заблуждение третьих лиц также исключено, поскольку само отчуждение права будет зарегистрировано.

Более того, учитывая что в ЛД новый лицензиар становится таковым в силу закона (согласно п. 7 ст. 1235 ГК РФ - переход исключительного права на результат интеллектуальной деятельности или на средство индивидуализации к новому правообладателю не является основанием для изменения или расторжения лицензионного договора, заключенного предшествующим правообладателем и в силу абз. 6, п. 40 Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 23.04.2019 N 10 "О применении части четвертой Гражданского кодекса Российской Федерации"), новый правообладатель становится лицензиаром на условиях ранее заключенного лицензионного договора - что в данном случае в принципе достаточно направить уведомление о смене лицензиара и об изменении реквизитов.

3. Касательно товарных знаков, находящихся на стадии регистрации.

В соответствии со статьей 128 ГК РФ к объектам гражданских прав относятся вещи, включая имущественные права, чем и являются права на регистрацию товарного знака, которые могут свободно отчуждаться или переходить от одного лица к другому, если они не ограничены в обороте (п. 1, ст. 129 ГК РФ).

Таким образом передача имущественных прав на регистрацию товарного знака является сделкой. Данный вид сделки не предусмотрен законом, однако не противоречит ему. При этом закон не содержит обязательного требования о письменной форме сделки по передаче прав в отношении заявки на регистрацию товарного знака, а также ее обязательной возмездности.

Рекомендуется заключить соглашение о передаче имущественных прав на регистрацию товарного знака в письменной форме. Соглашение может как возмездным (рекомендуется во избежание вопросов от ФНС), так и безвозмездным.

Пунктом 3 статьи 1497 ГК РФ предусмотрено, что изменение в заявке на товарный знак сведений о заявителе, в том числе в случае передачи или перехода права на регистрацию товарного знака может быть внесено до государственной регистрации товарного знака. Соответственно необходимо подать заявку на внесение изменений в ранее поданную заявку.

(Постановление Суда по интеллектуальным правам от 17.12.2014 N С01-1212/2014 по делу N А12-4262/2014).

4. Процедуру постановки на баланс в качестве нематериального актива полагаю раскрывать нет необходимости, финансисты/бухгалтера руководствуются Приказом Минфина России от 30.05.2022 N 86н "Об утверждении Федерального стандарта бухгалтерского учета ФСБУ 14/2022 "Нематериальные активы".